ناگاتومو نخستین بار در جام جهانی ۲۰۱۰ آفریقای جنوبی به عنوان بازیکنی جوان وارد صحنه جهانی شد و خیلی زود توانست جایگاه ثابتی در ترکیب تیم ملی ژاپن به دست آورد. نمایشهای او در آن دوره باعث شد نامش در سطح فوتبال اروپا نیز مطرح شود و مسیر حرفهایاش در باشگاههای معتبر ادامه پیدا کند. از آن زمان به بعد، او به یکی از ستونهای اصلی تیم ملی ژاپن تبدیل شد و در چهار دوره بعدی نیز بدون وقفه در فهرست نهایی ساموراییها قرار گرفت.
حضور در جام جهانی ۲۰۱۴ برزیل نقطه تثبیت جایگاه او در تیم ملی بود؛ جایی که ژاپن با وجود نتایج نهچندان موفق، تجربه ارزشمندی به دست آورد و ناگاتومو یکی از بازیکنان کلیدی خط دفاعی این تیم محسوب میشد. در جام جهانی ۲۰۱۸ روسیه نیز او با تجربه بیشتر، نقش مهمی در ساختار دفاعی ژاپن ایفا کرد و در رقابتهای سخت مرحله گروهی و حذفی حضوری موثر داشت.
چهار سال بعد در جام جهانی ۲۰۲۲، ناگاتومو در شرایطی به میدان رفت که بسیاری تصور میکردند این آخرین حضور او در این سطح باشد، اما عملکرد حرفهای و آمادگی بدنی مناسب باعث شد بار دیگر اعتماد کادر فنی را جلب کند. اکنون در جام جهانی ۲۰۲۶ نیز با وجود رسیدن به ۳۹ سالگی، همچنان در فهرست تیم ملی قرار دارد و حضورش در پنجمین دوره متوالی، جایگاه ویژهای در تاریخ فوتبال ژاپن برای او رقم زده است.
در طول تاریخ فقط چند بازیکن در حداقل پنج جام جهانی حاضر بودهاند:
لیونل مسی (۶ دوره)
کریستیانو رونالدو (۶ دوره)
لوکا مودریچ
لوئیس سوارز
مانوئل نویر
لوتار ماتئوس
آندرس گواردادو
رافائل مارکز
آنتونیو کارباخال
یوتو ناگاتومو
- منبع: فوتبالی